این دانشنامه توسط پژوهشکده اعجاز دانشگاه شهید بهشتی (ره) اداره می شود. این پژوهشکده اولین پژوهشکده میان رشته‌ای در حوزه اعجاز قرآن بوده و در سه گروه اعجاز علمی، اعجاز لفظی و سیستم‌های قرآن فعالیت می‌کند. فعالیت‌های علمی پژوهشکده تحت نظر شورایی متشکل از 20 نفر از اساتید رشته‌های مختلف علوم تجربی، پایه، مهندسی، علوم انسانی و روحانیون متخصص علوم قرآنی انجام می‌شود تا همه علوم و فنون و دانش بشری به یاری فهم و درک این کتاب مقدس درآیند. البته تنها برخی از مقالات این دانشنامه مورد تایید نهایی پژوهشکده می‏باشد که با برچسب "مورد تایید پژوهشکده" مشخص می‏شوند.