قرآن معجزه پیامبر خاتم (ص)، معجزه‌ای برای همه اعصار است. تدبر و تامل در قرآن و بهره گرفتن از آیات آن از مهم ترین تاکیداتی است که در خود قرآن به آن سفارش بسیار شده است. تدبر و تامل در قرآن دارای ابعاد و وجوه مختلفی است که یکی از آنان بررسی دلالتهای علمی، تفسیر علمی و اعجاز علمی کتاب خداست. تفسیر و اعجاز علمی قرآن به عنوان پژوهشی مستمر باعث خواهد شد تلاش‌هایی که برای خدشه‌دار کردن قرآن و وحی صورت می‌گیرد و همچنین شبهاتی که در رابطه با بعضی آیات قرآن مطرح می‌شود از مسیر دیگری که همان بررسی و تحقیق علمی است عقیم گردد و راه را برای محکم نمودن ایمان معتقدان به این کتاب الهی هموار سازد. همچنین قلب و دل انسان‌های پاک سرشتی را که در سایه جهل و نادانی قرار گرفته‌اند، به این کتاب مقدس و لزوم تأمل و تدبر در آن، برای استفاده عملی در زندگی معطوف گرداند و بالاخره، وجوهی دیگر از شگفتی‏های کلام الله مجید و حقایق آن را برای قلوب مومنین و متقین فراهم آورد.

 تمامی حوزه‏های مرتبط با "قرآن از نگاه علم" در گستره محتوایی این دانشنامه قرار دارند، مواردی مانند تفسیر علمی، اعجاز علمی، دلالتهای علمی آیات، دانش‏های قرآن بنیان، تدبر و تفکر در آیات الهی به کمک علوم نوین و دیگر موارد. پژوهش‏های دانشنامه قرآن از نگاه علم، حاصل تعامل و کار جمعی کاربران پژوهشگر این دانشنامه می باشد و ضمن لحاظ سیاستهای کلی پژوهشکده اعجاز قرآن، نوعی دانشنامه آزاد و تعاملی (ویکی) برای پژوهشگران این حوزه به شمار می رود. این دانشنامه توسط پژوهشکده اعجاز قرآن دانشگاه شهید بهشتی اداره می شود. این پژوهشکده اولین پژوهشکده میان رشته‌ای در حوزه اعجاز قرآن بوده و در سه گروه اعجاز علمی، اعجاز لفظی و سیستم‌های قرآن فعالیت می‌کند.